基因上台灣居民分少數的台灣原住民及大多數的非原住民台灣人(即所謂的台灣人)，台灣原住民在台灣島內經過幾千年長期的隔離，形成相似及一致的遺傳基因。非原住民的台灣人是由多個族群融合而形成，因此基因結構多樣及互異。

我們的研究發現，台灣原住民雖與亞洲大陸有遠古以前的關係，卻有自己獨特的母系血緣(由母親傳給兒子及女兒，但唯有女兒才能再傳下去的血緣)，推測形成年代最早距今一萬五ＯＯＯ年前，約一萬四ＯＯＯ年前冰河時期終結，海水上升，台灣變成島嶼的前後時間，自東南亞島嶼(印尼，菲律賓)及東南亞(中國南方，中南半島)移民來到台灣。台灣原住民現在的母系血緣有早在一萬五ＯＯＯ年前舊石器時代的後期來到台灣的血緣B5a2及M7b3。六千~一萬年前新石器時代到達台灣的B4a1a, E1a1a及F1a1a等血緣，及近一千~四千年前在台灣形成的血緣E2b1等血緣，成為台灣原住民獨特的標誌。顯示部份台灣原住民與亞洲大陸的族群很可能在冰河時期結束時即已分開。在台灣原住民看到的幾個主要母系血緣，在東南亞島嶼上也以高頻率出現，顯示台灣原住民很可能是從東南亞島嶼遷移過來的。台灣變成島嶼後在近幾千年陸續有血緣從東南亞及東南亞島嶼到達台灣。

比對國際DNA資料庫中B4a型母系血緣的序列，可推測約一萬三ＯＯＯ年前B4a1a在台灣原住民形成以後到九ＯＯＯ年前中間，帶這血緣的原住民祖先(母系社會)移出台灣，推測經過菲律賓、印尼東部的島嶼，到達新幾內亞的東北海岸，一路混合後，先形成B4a1a1，再很快的形成玻里尼西亞人特徵的血緣B4a1a1P。在遷移的過程當中台灣原住民的父系血緣被取代。

B4a1a1P人口的成長猜測費時約四~五ＯＯＯ年，然後成為下來三ＯＯＯ年內快速擴散在太平洋群島上的玻里尼西亞人，也就是十八世紀英國探險家庫克船長在廣大浩瀚的太平洋，在許多相距很遠的島嶼上看到的黃種人有著共同的文化、語言及體型的玻里尼西亞人。在語言學上，台灣原住民屬於南島語族，南島語族是西自非洲東岸的馬達加斯加島，東到美洲西岸的復活節島，北自台灣南到紐西蘭共約2萬個島嶼上住約2億原住民，使用相近的語言稱南島語，這些原住民稱南島語族，台灣有著最多元的南島語，被認為是南島語的來源。語言學認為南島語言在5-6千年前從台灣經菲律賓擴散出去，從考古學上(Bellwood)也認為5-6千年前「out of Taiwan」。基因上雖有B4a1a約1萬年前的擴散出台灣，但台灣許多血緣是來自東南亞島嶼(巽他古地)及東南亞經亞洲東岸(現在的台灣海峽)或經菲律賓到達台灣，而且有些血緣(E及F)在台灣已存在超過1萬5千年之久。

在非原住民台灣人的部份，傳統上認為幾千年來中國北方中原漢人的人口膨脹及擴散取代了原住中國南方的原住民族，其中包括中國東南沿海的百越族，然而直到最近中國歷史的研究發現了所謂的南方漢人主要是在近幾百年因為政治的理由從原住民漢化而成，也就是由百越族漢化成漢人。所謂漢化就是講漢人的話，穿漢人的衣服，不一定要和北方人通婚。許多百越族漢化後不願意承認自己是百越族，而說自己是北方漢人，因為這樣可以提升社會地位及獲得經濟利益。甚至歷史上北方漢人的大舉南遷(在五胡亂華，魏晉南北朝及元朝的屠殺)現在被質疑到底有多少真實性，因此中國東南方族群結構在過去幾千年很可能沒有太大的改變。我們的祖先大部分從福建廣東來，他們本來就是福建廣東的原住民，也就是百越族的後代，所以我們從福建廣東來的祖先唐山公、唐山嬤就是東南沿海的原住民(百)越族。

2007年中國復旦大學發表越族(百越族，傣族)是中國南方最大而且分佈最廣的族群，在中國至少有2580萬人(中南半島有8000萬人)。屬於中國東南沿海(從上海到越南河內)的原住民，越族在中國南方可能有3萬年以上的歷史，大部份的越族在近2000年於北方漢人向南方擴散時被漢化成漢人，所以大部分中國東南方的漢人帶有越族的母系血緣。1683年台灣變成清朝的版圖後，為了阻止反清復明，1683-1760年實施海禁，但為了生存我們的祖先「唐山公」冒險渡過黑水溝(台灣海峽)到達台灣的西南平原，當地原住屬母系社會的平地原住民「平埔族」，唐山公與平埔族混居的結果，造成混血，平埔族被同化及平埔族文化的消失。檢測台灣人的基因我們發現平埔族並沒有消失而是活在我們當中。

台灣人的血緣，根據體染色體上組織抗原基因，母系血緣及父系血緣三個不同基因系統的分析，我們得到相當接近的結果，就是台灣人的基因大概一半來自台灣原住民及東南亞島嶼族群，另一半來自福建廣東及亞洲大陸。歷史上唐山公的故事可從台灣人有59％亞洲大陸的父系血緣得到印證，至於平埔嬤在歷史上的重要性還是很清楚的看到(即構成台灣人一半的母系血緣)，之後唐山嬤的大舉遷台建構了另一半的母系血緣。母系血緣是看外祖母的血緣，父系血緣是看內祖父的血緣，從組織抗原可以看到外祖父及內祖母的血緣，在我們分析的一百人當中只有三十三人的父母系血緣全部來自亞洲大陸，其他六十七人的父母系血緣是混合了台灣原住民、東南亞島嶼族群及亞洲大陸的血緣。分析這三十三人的組織抗原血緣的來源，看到十八人帶有台灣原住民的基因，十人帶有中國東南沿海越族特徵的基因，二個西南亞洲基因及各一人的北方漢人、藏人及歐洲人的基因，所以根據三個系統的分析，85％的台灣人是帶有台灣原住民的血緣，在此同時至少有90%的台灣人(可能近100%)帶有越族的血緣，所以是平埔公、平埔嬤、唐山公、唐山嬤，還有高山公、高山嬤及少數外國基因一起建構了非原住民台灣人的基因。台灣曾經有許多不同的族群住過，所以台灣人帶有許多不同族群的基因是可以預料的。